汉明帝时，班超奉命出使西域，使西域诸部归服，中央政府在该地建立都护府。不过，该地仍不断发生战乱，局势颇不平静。汉章帝即位之初，边关又起纷乱，焉耆、龟兹、车师等联合北匈奴，攻打中央政府的军政驻地，形势颇为吃紧。章帝召群臣商议对策，众人皆欲暂缓，惟有司徒鲍显力主马上增援。汉章帝采纳了鲍显的意见，派兵西进，解救了边关危机。

    不过，对于是否继续经营西域，汉章帝却举棋不定，大臣们也有争论。由于确实存在人力和物力上的困难，汉章帝最终还是决定放弃了西域，诏令滞留西域的汉朝人员回国。

    这时，班超住在疏勒国，也接到了撤退的诏书，他收拾行装，备好马匹，准备返回久别的祖国。

    由于班超在西域生活多年，他有些依依不舍，同时，他也获得了西域人民的爱戴和尊敬。听说班超要回国，疏勒国人民惊惶不安，因为班超对付匈奴有办法，班超一走，又将国无宁日了。疏勒都尉抽出长刀，满面流泪，对天长叹道：“汉朝使节弃我而去，我国必为匈奴所灭。与其后日死亡，不如今日魂随汉使，送其尔归！”说罢，即引刀自刎。

    班超虽然也难舍难分，但王命在身，只好拨转东行。不久到了于阗国。于阗百姓拦道迎接班超，听说他要东归，都失声痛哭，就近的人们伏地抱着班超的马腿，不让他离开。班超无奈，只好留下来。同时，上书汉章帝，请求让他留屯西域。汉章帝同意了班超的请求。

    班超在西域团结各族人民，有效地遏止了北匈奴的侵扰。西域各国除龟兹外，都愿意臣服于汉。

    建初六年(公元83年)，班超在疏勒上书汉章帝，请求朝廷派兵支援，降服龟兹，实现“断匈奴右臂”的战略意图。汉章帝支持班超的计划，征集吏士前往。

    斯时，有平陵人徐干自告奋勇地到朝中上书，愿意立功异域。汉章帝大喜，即命令他为假司马，率领一千多人组成的远征军，西去驰援班超。

    在西域诸国中，乌孙最强大，班超又请求汉章帝，遣使慰问乌孙国王。汉章帝又同意了班超的请求，派遣使臣去往乌孙慰问。乌孙国王非常高兴。

    建初八年(公元85年)，乌孙国派遣使者回访汉朝，向汉朝表示友好。在西域，汉朝得到这样一个乌孙大国的支持，汉章帝觉得非常称意。于是，他提升班超为将兵长史，授予他代表东汉政府在西域行事的权力。

    由于同大汉王朝中央政府保持了密切的联系，特别是由于乌孙国的内附，使班超在西域的威望大大增强。西域诸国都愿意受班超的节制，这样，就为以后的东汉政府再次打通与西域诸国的密切交往铺平了道路。

    史称，汉章帝忠厚仁义，笃于亲系，而且，汉章帝的政令刑罚的确也是比较宽疏的。例如，依东汉制度，官员贪污要禁锢三世，即三代人都不准为官，汉章帝废除了这项制度。而汉章帝对官员和贵族的赏赐，又往往超过规定的限额，造成国家财政的困难，而且，又把这些负担都转嫁到人民头上。可见，汉章帝之宽疏，并非完全建立在原则之上。

    汉章帝的一些政令刑罚，有时候也并非建立在事实基础上，而在于灾祥谶纬之学。建初元年(公元76年)，兖、豫、徐等州发生了严重的旱灾，赤地千里，饥民遍野。汉章帝一面调集国库粮食紧急救援饥饿中的人民，一面召集大臣商讨解决办法；按照当时民间流行的看法，水旱荒年是由于阴阳失调，而阴阳失调又与政事有关。司徒鲍昱痛陈时弊：“前几年治楚王英狱，抓人成百上千。这些人并不是都有罪，受牵连而坐狱的人恐怕有一半是冤枉的。那些判了徒刑的人远离家乡、骨肉分离，死了灵魂也不得安息。这就致使阴阳失调、水旱成灾。现在不如赦免这些刑徒，解除监禁，让其回家和亲人团聚，这样也许能致和气，使天降甘露、解除旱情，免除黎民百姓的痛苦。”尚书陈宠也上疏说：“治理国家大事就如调整琴瑟的弦一样，弦调得太紧就会崩断，刑罚太严也会激起人民的不满。建议陛下进一步宽缓刑罚。”汉章帝听从了他们的建议，大赦天下，宽缓刑罚。

    因为相信谶纬之说，汉章帝还曾亲自主持整顿经学。建初八年(公元79年)，汉章帝接受了杨终的建议，亲自在白虎观召集将、大夫、博士、郎宫和诸儒开会，议定五经异同，最后，由汉章帝自己拍板，决断是非。这次会议的讨论记录后来由班固整理成书，名为《白虎通》。

    白虎观会议以及《白虎通》所标榜的“正经义”，一方面用谶纬来正经学，其目是利用政治力量使谶纬之说合法化，使它具有和经书同样崇高的学术地位，另一方面是用官方意志来正经学，以便更好地为封建统治者服务。故此，《白虎通》成为一部把儒学思想法典化的著作。

    章和二年(公元88年)，汉章帝去世，时年三十一岁，在位十三年，葬于敬陵。